美国国标疫情数据是怎么炼成的?专访约翰·霍普金斯团队

2020-04-01
来源:“霍普华丰”微信公众号

  Dr Gardner和其他霍普金斯教授参加听证会(Source: HUB/JHU)

  约翰·霍普金斯大学的“全球新冠病毒疫情仪表盘”,于2020年1月由该校系统科学与工程中心(The Center for Systems Science and Engineering, CSSE)建立,已被多国媒体引用于疫情的报道,是世界上最早的全球的疫情实时追踪工具之一,已经成为全球运用最广泛的疫情数据标准。

  截至3月31日, 美国确诊人数超过16万人,死亡近3,200人,康复近6,000人;而全球的确诊人数已经突破80万。该仪表盘上周又迎来新突破:从原来报告州级数据,提高到现在的精确到市县数据!

  Latrobe hall/ 系统科学与工程中心所在地(摄影: 董恩盛)

  而据该应用的发起和负责人、霍普金斯大学土木工程系系统科学与工程中心(CSSE)副教授 Lauren Gardner博士在3月的一次简报中所说,该应用平均每日点击量超过十亿。据悉,最高的日访问量超过20亿!

  而支撑这个复杂系统的背后,除了学校和教授外,还有一群有才华还努力的霍普金斯中国学生,【霍普华丰】对该研究小组进行了专访,一起分享他们的故事。

  #初衷只是对科研执着,时势让他们肩负起不一样的责任#

  系统科学与工程中心(CSSE)副教授 Lauren Gardner博士(右)与博士研究生董恩盛(左)(Source: CSSE)

  项目伊始,Gardner教授的博士生董恩盛,只是想要收集数据来“了解这个疾病从生到死的整个过程”,用这些数据做为他研究疾病的工具,并没有想要发布数据来吸引亿万眼球。在与导师讨论后,他们开始了统计和绘图的工作,后来又邀请了Gardner教授的另一个博士生杜鸿儒,一同开展疫情图项目。

  Twitter:霍普金斯疫情地图的首个推送(Source: TWITTER)

  随着疫情的发展,他们决定公开数据,让大众能更实时准确地了解疫情,让研究者能及时准确地获得数据进行研究。数据的收集、整理、发布,每一步都完成得严谨认真,每一个环节都经过慎重的思考。该项工作2月19日发表在《柳叶刀》杂志上,一篇 “审稿的时间居然比写稿时间短”的文章!

  一个交互式的用以实时监控COVID-19的数据仪表盘(Source: LANCET)

  “ 很多人会觉得收集数据、并将他们呈现在一张地图上并不是一件非常复杂的事情,” 恩盛说道,“ 但是实际上要保证地图的可靠性、稳定性、良好的用户使用感,有很多细节需要考虑。比如从哪里拿数据能准确而及时、各个地区的最合适的指代名称、以及如何保证我们的服务器能胜任高达每日20亿的使用量,这些都需要我们不断讨论、与各方进行协调。”

  一个交互式的用以实时监控COVID-19的数据仪表盘(Source: LANCET)

  柳叶刀的文章对比了约翰·霍普金斯大学系统科学与工程中心(CSSE),世界卫生组织(WHO)以及中国疾病控制与预防中心(Chinese CDC)的数据报告。

  CSSE仪表板上的病例数据,分别与CDC和WHO状况报告一致。

  一个交互式的用以实时监控COVID-19的数据仪表盘(Source: LANCET)

  此外,仪表板在捕获新国家或地区中首次报告的COVID-19病例的时间方面特别有效

  除澳大利亚,香港和意大利外,约翰·霍普金斯大学的CSSE在世界卫生组织之前报告了新感染的国家,而在相应的世界卫生组织情况报告以后的几个小时内就报告了香港和意大利。

  #能力越大,责任越大#

  越来越艰巨的任务让团队也越来越强大。这次升级细化到展现市县级的数据,进一步加大了他们的工作量。一次次重写脚本和调试代码,是他们不向庞杂数据低头的倔强。

  “最开心的时候就是代码不再报错的时候!”鸿儒打趣说。

  数据管理团队志愿者招募FLYER,吸引了来自工程学院、公共卫生学院和商学院的同学的积极参与(设计:SHERRYN)

  工作量不断增大,为了确保高质量的数据报告,在最紧张的时刻,迎来了强力支援:霍普金斯俱乐部的数据管理团队,对CSSE的验证(Verification)与确认(Validation)工作。他们之中有参加过丁香园公开课的志愿者,也有来自霍普金斯其他学院的同学们。

  “霍普金斯创新创业俱乐部是校友和教授联合领导的促进创业创新的平台,创新中心在大数据和AI方向有深厚的技术积累和团队储备”,该数据项目负责人陈峰浩博士说,“利用专业知识和领先的技术去拯救生命是秉承百年霍普金斯的传统,随着态势走高,我们还会持续开发先进工具以应对疫情。

  Carey 商学院教授倪剑博士和 Academic Program Coordinator 的 Mariam Jeschke 博士,对组建多院系参与团队提供了大力支持。

  约翰·霍普金斯Carey商学院教授 倪剑博士(Source: Carey/JHU)

  在整个团队努力下,全世界都在看的、美国最权威的疫情数据-约翰·斯霍普金斯大学“全球新冠病毒疫情仪表盘”上周又迎来新突破:从原来报告州级数据到现在精确到市县数据!

  也就是说,人们将能更清楚地看到疫情中心离自己有多远,了解疾病传播和控制情况,从而采取相应预防措施。这一改进也让政府和研究人员更清晰地看到疫情的扩散特点,从而安排医疗卫生资源,发布相应政策。

  制作这样一张空前的疫情地图,困难重重,任务繁重,当问及背后的动力,他们这样说:

  “ 我的导师,霍普金斯的Gardner教授是我的榜样,给我很多力量。她常常陪我们待到半夜两三点。”

  董恩盛(JHU/Whiting工程学院/CSSE)

  “希望这次疫情能让人们抛弃偏见和傲慢,不再对他国不认可的治理方式横加指责,尊重专家的建议,敬畏生命和医学,即便在危机时刻对公众也能坦诚不加欺瞒。除了病毒,世界上还有很多灾难不讲政治也没有国界……希望春天能早日到来吧”

  数据确认小组,高歌(JHU/Carey商学院)

  “ 因为霍普金斯是第一,公共卫生学院和医学院都是最好的,所以在疫情图上我们也要做第一,不仅是第一个做,也要做的第一好,速度和质量都是第一。”

  数据确认小组,张栩铭(JHU/Carey商学院)

  “ 因为和霍普金斯不同院系的同学合作很有意思,大家想法会不一样。虽然很辛苦,会需要工作到很晚,但是大家都很有动力。”

  数据验证小组,Sherryn(JHU/Bloomburg公共卫生学院)

  约翰·霍普金斯在医疗最前线(来源:JHMI/WEB)

  #最大的愿望?#

  希望有一天,人们不再看我们的地图

  因为疫情已经过去

  如今,霍普金斯疫情图备受瞩目和称赞,为政府和个人决策提供了重要的依据,不负霍普金斯 “ 保护健康,拯救生命,数以百万计 ”(Protecting Health, Saving Lives – Millions at a Time)的使命。

  而同时,大量研究团队用这些数据发表了文章,对学术界做出贡献,不枉霍普金斯大学作为美国第一所研究型大学,开美国高等教育先河的历史。

  美国副总统彭斯使用霍普金斯疫情地图(来源:WH/WEB)

  然而,奉献在疫情图项目的团队成员们,并没有沉湎于这样的荣耀,反而思考得更多。 “虽然我们的地图被世界关注令人骄傲,但我希望疫情退下,让人们不用关注地图,而是关注生活。到那时,这张图的作用是用来预防下一次疫情。” 栩铭感叹道。

  疫情图始于科研,最终也将归于科研

  胸怀天下,济世救民,这句话很空,很大,霍普金斯团队成员们做得很实在:“希望我们的点滴努力,可以为抗疫出一份力”。

  最后,让我们听听团队的孩子们给世界说点啥?

  人间四月天,原本应该喧嚣的约翰·霍普金斯大学校园(来源:JHU)

  杨译名

  “希望疫情信息系统能让地球不同国家的更多人了解各地的情况,提高防范意识。另外也是希望这次疫情可以将各国人民连接的更紧密,合作才能取胜,信息的公开和分享对于国际合作尤其重要。面对疫情,各国都需要放下政治的过度操作,去加强合作沟通,减少推卸责任,因为时间不等人,生命是无价的。”

  张怀中

  “JHU不同学院的人在一起努力把疫情信息系统做得很棒 很幸运自己能参与其中 希望每个人都能keep social distance,stay at home,stay healthy 好让我们现在做的工作早日结束”

  倪文颖

  “真的非常荣幸能够加入JHU 组织的这个项目中来。我觉得这个项目真的很有意义,能够帮助各界人士更快更好的追踪了解疫情发展情况。我也是希望为战胜疫情尽自己一点绵薄之力。也希望我的工作可以尽早结束,大家都健健康康哒”

  朱怡凡

  “同呼吸 共命运” “可麻烦川普看看数据长点儿心吧”

  李东

  “尽最大努力提供精准,多样的有关疫情的数据”

  兰图

  “如果不相信历史的话,就亲眼看看世界吧 #coronavirus map”

  王英琦

  “每天都提醒自己敲下的不只是数字“

  骆丽伊

  “见证了历史的我们经历了从无知,焦急,恐惧到大家齐心协力抗击疫情的过程。希望我们很快就无需更新数据了。(能待在家的就尽量别出门给社会添堵了)”

  丁慧中

  “这次疫情就像放大镜一样,放大了各种社会政治问题,但是也放大了人与人之间无论立场的关怀与相互扶持”

[责任编辑:朱剑明]
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