国内关于转基因农作物的争论，主要集中于其是否对食用者安全,对大田种植带来的生态影响等生物安全问题,转基因技术增产潜力是否超过其他农业科技等农业发展方向问题都较少涉及。而这些对转基因作物的评估其实都是不可或缺的。尤其是增产问题，转基因技术是否对增产比其他农业科技更有优势,研发和推广转基因的机会成本如何，对粮食长期紧张的中国至关重要。中国长期以不到世界9% 的耕地，要养活接近世界20% 的人口，而且近年来对农产品需求随着生活水平的提高快速上扬。过去10年，中国人均农业产出增速达到了3%的年增长率，比全球1.7%的增长率高出近一倍。然而，粮食不仅没有出现明显过剩，粮食的进口依存度10年间却从6.2%增长到12.9%，翻了一番。保障供应的压力，压得中国农业喘不过气来。
同时，中国农业的高产，是以化肥和农药的滥用以及由此带来的环境与健康危害为代价的。中国化肥年消费量已达5000万吨(纯养分)，超过全球使用量的三分之一，单位面积使用量也是全球平均的2.5-3倍。 对比每公顷可耕地2002年平均化肥使用量：世界100.8公斤，发达国家82.6公斤，中国276.1公斤。长期过度施用氮肥造成的土壤酸化，是对中国农业可持续生产的巨大威胁。孟山都等转基因开发商号称转基因作物在增产的同时可以减少化肥农药的使用，对深为化肥农药副作用所困扰的中国农业同样有吸引力。
2006年，转基因专项和大飞机、新一代宽带无线移动通信网等项目一样，在《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006—2020)》和国家“十一五”规划中，被列为16个重大专项之一。这一总预算超过240亿元的专项，是新中国成立以来中国投资额最大的单项农业科研项目。相比之下，十二五常规育种政府投资仅1.8亿元。从这偏向性极大的科研投资方向可见，政府对转基因的增产潜力抱有巨大期望。在民间，转基因技术是增产原子弹的神话也同样流传。在2013年7月关于中国土地问题的一个访谈中，经济学家姚洋表示，如果愿意使用转基因，粮食增产的潜力就几乎是无限的。然而，果真如此吗? 近期的一些科学论文，从数据和事实出发，对此提出了强有力的质疑。
西班牙种植转基因玉米后并无增产优势
Angelika Hilbeck等五人2013年5月在《欧洲环境科学》上发表了题为《四个欧盟国家不同转基因种植情况下农民种子的选择》 的文章， 对比了欧洲四国(西班牙、奥地利、德国、瑞士)的玉米生产状况。四国中，奥地利，德国和瑞士都拒绝了转基因玉米的商业化种植，而西班牙是欧洲唯一大规模种植转基因玉米的国家。到2011年12月止，共有108个转基因玉米品种在西班牙注册商业化种植。美国转基因玉米种植面积更是占绝对优势，在2013年占比高达90%。文章分析表明转基因玉米的推广并没有为西班牙和美国带来更大增产。
该文同时发现，转基因玉米的推广确实为西班牙的农业生产带来了重大影响，那就是可供农民选择的玉米品种的持续减少。类似趋势在德国等三国不存在。主要种业公司为德国农民提供的玉米品种数量从1994年的116种上升到2011年的320种。奥地利玉米品种数量从1995年的19种增加到到近年来的75种左右。瑞士的玉米品种数量在过去十几年中长期保持在60-80的范围内。
不少产业界人士常批评德国等西欧国家对转基因的严格管理限制农民对品种的选择权。 然而数据和事实并不支持这种说法。在没有转基因玉米的德国等三国，可供农民选择的玉米品种数量或者保持稳定，或者显著上升;而且三国的增产趋势也优于美国和西班牙。 在转基因玉米不断推广的西班牙，尽管转基因品种数量增长显著，但可供农民选择的非转基因品种和整体品种数量都在不断下降。这让人不得不担心锁定效应：这种趋势如果持续下去， 哪怕有越来越多的事实证明转基因品种未必有优势，农民也将越来越别无选择。
该趋势除了加剧大种业公司的垄断外，农作物基因多样性的丧失也是对农业长治久安极大的隐患。1970 年美国玉米由于某种玉米小斑病菌大流行(south corn leaf blight epidemic)减产15%，其中受灾严重的伊利诺斯州减产25%以上。这就是因为片面追求高产，大面积连年使用某种杂交玉米——当时该品种种植面积占全美85%以上。但该品种容易受玉米小斑病菌T小种的感染，最终导致了不可控制的病害大规模爆发。而这次爆发没有造成更大危害，还得感谢老天爷帮忙。 该病害1968年被首次观察到快速扩散，在1970年灾情到达高峰，万幸之后连续几年天气状况不利于病菌传播，给了美国玉米产业几年的缓冲时间更换品种。转基因玉米在西班牙的推广，在没有增产优势的同时带来了玉米田间多样性的减少，值得人们警觉。
北美和西欧的比较：转基因并无增产或者减少农药使用的优势
2013年6月18日， Jack A. Heinemann 和笔者等五人在《农业可持续性国际期刊》上共同发表一题为《美国中西部主要农作物生产中的可持续性和创新》的论文。 该论文比较了北美(美国和加拿大)和西欧(奥地利、比利时、卢森堡、法国、德国、荷兰和瑞士)过去五十年的大豆玉米和油菜籽生产，并重点分析了以美国为代表的北美农田生态系统的问题。北美和西欧过去二十年的主要差别隐伏于这三种作物种植中，北美从1996年开始越来越大规模种植转基因;而西欧在转基因问题上更谨慎，更强调常规育种，农田管理，农民参与等多方面综合性措施。
文章发现北美并没有产量优势：过去二十五年其产量增幅小于西欧。以玉米为例， 1961-85年西欧玉米平均每公顷产量4868.1公斤，美国每公顷5437.9公斤。1986-2010年西欧平均每公顷产量8289.9公斤，美国每公顷8284.1公斤。西欧赶上并略超过美国发生在过去二十五年。对比西欧和加拿大油菜籽的生产，西欧过去二十五年的增产趋势也更加明显。
孟山都等转基因开发商号称转基因作物在增产的同时可以减少化肥农药的使用，但数据表明农药使用问题上西欧的农业生态系统同样表现出优势。抗虫转基因作物在北美的推广确实减少了杀虫剂的使用， 但没有采用转基因作物的西欧杀虫剂使用同样减少，而且减少幅度远大于北美。同时北美除草剂使用增加，西欧减少。
和西班牙类似，转基因作物推广后可供美国农民选择种植的作物品种快速减少。在2005-2010年的短短五年中，可供农民选择的玉米，大豆和棉花的品种总数量都在不断减少。美国农民在转基因品种之外别无选择的趋势，比西班牙更为明显。上述两篇论文的事实都说明，转基因农作物推广十多年来，并没有如同孟山都等大农商所宣传的那样，在增产增收方面比其他技术取得更为突破性的进展，其最主要的“成效”，是加固了大农商对种子行业的垄断，减少了相关作物的田间生物多样性。
该论文领衔作者Jack Heinemann 教授并非所谓反转人士，而是转基因科研领域长期从业人士。他长期从事关于原核和真核微生物转基因研究，也有同事甚至顶头上司直接从事转基因农作物的研究。尽管他本人研究和转基因技术息息相关，但他对转基因农作物的商业化推广持谨慎态度，认为需要在生物安全方面严格把关。用他自己的话说“从事转基因研究的科学家和卖转基因的商人是有区别的”。在笔者和他的多次交流中，他并不认同某些反转人士“该技术有原罪”的说法，转基因农作物可以做到安全，问题在于孟山都等大农商过分以商业利益甚至垄断利益为重，安全方面只要能够糊弄过去就行。一个同样重要的问题是，农业是一个高度综合性学科，农业生物科技并不局限于转基因，而是包括农业生态学、农用林业、综合虫害及养分管理、传统杂交育种、土壤学、作物栽培学等多方面的内容。迷信搞定了基因就搞定了一切其实是源于对现代生物学和生态学的无知。对某些转基因研发者鼓吹的转基因增产效率无限，没有转基因就不能养活全世界，他并不以为然，尽管他认为安全的转基因技术可以是未来农业科技的一部分。
养活中国必须依靠转基因吗?
由于转基因大豆和玉米进口量不断增加，一些“反转”人士激烈指责农业部。另外一些专家学者如中国工程院院士吴孔明则认为，我国已经没有拒绝转基因的资本，大量进口转基因大豆和玉米，已是保障中国粮食安全的必然选择。
首先，进口转基因大豆/玉米的问题， 和国内争论激烈的转基因水稻做为主粮是否大规模商业化种植的问题，尽管有所关联，其实相对独立。 转基因大豆/玉米的进口，并不是推广国内转基因水稻商业化种植的借口。 转基因水稻是否应该商业化种植，主要应该取决于以下两个方面：
第一， 增产潜力有多大， 和其他农业科技相比机会成本如何。
第二，增产潜力所带来的利益是否超过了其可能带来的食品安全和生物安全问题的可能损害。尤其是民众关心的食品安全问题，张启发等试图推动商业化的相关科学家至少应该拿出老鼠90天中期或者两年长期喂养的原始数据供相关专业人士和公众审视，而不是搞转基因大米试吃这类其实在违法边缘的活动来造舆论。
回到大豆和玉米的进口问题，中国除了不断增加转基因农产品进口，就别无选择了?答案并非如此，我们需要考察一下所谓“刚需”的真实度。中国人均每天的卡路里供应量近年来不断攀升，到2009年已经高达3036大卡，远超过日本人均每天2723大卡。但据估计，普通成年女性每天需要约2000大卡，成年男性每天需要约2500大卡，中重体力劳动者每天需要2800大卡。可见，尽管中国一些地区仍存在部分营养不良现象，但从人均来讲，供应已绰绰有余。而人均每日肉类蛋白质供应量，中国在1997年赶上了日本，到2009年已经超过日本20%左右。
可见，所谓农产品需求高涨的“刚需”，并不是从健康营养的角度出发而产生的刚需，而是盲目学习肉蛋奶油越多越好的美国饮食习惯而产生的“刚需”。这不但给农业带来了过大压力，消费者也为此付出极大健康代价，比如中国已经成为糖尿病第一大国的严酷现实。某些产业界人士为扩张市场，还在不断宣传中国肉蛋奶油的人均消费应进一步向美国看齐。其实，如果继续这种趋势，不仅农业承受不了，中国的医疗体系也承受不了。按照世界卫生组织的数据，日本人均寿命全球第一，远好于排名33的美国，日本人较合理的膳食结构毫无疑问是一大因素。所以从个人健康和农业角度，中国农产品的需求都不应该继续增长了，而是应该从强调数量的增加转移到对质量的保障和提高。
更何况，除了过量消费，中国粮食浪费也同样惊人。上海每天倒掉2000吨食物，北京1600吨。据估计，中国每年浪费的食品价值超过2000亿元，可提供约2亿人的口粮。有反转基因人士提出了“宁死不吃转基因”的激烈口号，可惜光靠喊口号喊不出粮食来。如果浪费能够减少一半，需求减少到适量，我们才有底气对国内外食品生产者提出减少农药使用量、非转基因等更高质量要求。我们需要的，不是任何人“宁死不吃”的口号和姿态，而是需要更多的人从减少浪费和过度消费这样的事做起。
以大豆为例具体分析。全世界大豆产量两亿五千万吨左右，世界大豆市场上交易约一亿吨，中国2012年进口5838万吨，基本占60%。做为最大的进口国，中国可以说是毫无议价权/话语权。最根本的原因是中国消费增加太快，国际上新增的大豆产量，都被中国毫不犹豫的吞下以满足其无理性扩张的巨大胃口。试想，如果中国人均食用油消费从目前每天56克下降到营养学推荐的每天不超过30克(下降40% 以上)，人均肉类消费下降到日本人均水平(下降15-20%)，对大豆的需求当然会相应下降。国际大豆市场会因供应过剩从卖方市场变为买方市场，中国是最大的买家，这个时候就有话语权了，因为美国/阿根廷/巴西等出口国这时都要求着中国买大豆了。这个时候中国就可以就提要求了。第一步，可以建立草甘膦等农药残留标准和检测，残留超标的不予进口;第二步，可以进一步提出优先进口非转基因大豆;第三步，中国大豆产业也可以因此走出去，为愿意种植非转基因大豆的国家和农民提供种子以及其他配套服务。
监管方面，政府也应该有所做为，让民众放心。平心而论，中国对转基因的管理规范从世界范围来看还是相当严格的，虽然逊于欧洲，但比美国更严格。然而，执法层面需提高空间很大。比如，尽管转基因水稻2009年才拿到农业部的安全证书，但早在2005年湖北省就发现上万亩违规扩散的抗虫转基因水稻。湖北省农业厅点名三家企业(武汉科尼植物基因有限公司、武汉禾盛种衣剂有限责任公司和华大新技术研发公司)擅自扩大制种，其中华大新技术研发公司是华中农大下属企业，而武汉科尼植物基因有限公司由张启发教授担任首席执行官。发现违规转基因作物后政府补救措施还是相当到位，每亩补偿农民四五百元，上万亩水稻全部铲掉。然后，有关科研人员知法犯法，却并无任何实质上的处罚, 让人不得不担心比美国更严格的管理规则是否只是存在于纸面上。目前国内关于转基因水稻商业化的争论中，不少民众对转基因科学家种种说法抱怀疑态度，不是没有原因。
对国内已经大量进口的转基因大豆和玉米，也需要加强监管，包括一、严禁种植，以保证国内的非转基因大豆和玉米品种不受到可能的污染。二、尽量用于养殖业。笔者就相关问题专门咨询了大豆协会专家刘登高，他表示，除了养殖和食用油，国产非转基因大豆虽然产量不断下降，在现阶段还是能够满足直接食用和豆腐，豆芽，豆浆，大豆蛋白粉等主要大豆产品的需求。同时，连转基因农产品管理最严格的欧盟，也同样进口不少转基因大豆用于养殖业。由于出口大国美国/阿根廷/巴西转基因大豆种植比例都在80% 以上甚至更高，短期内国际市场上的买家确实都别无选择。上文已经提到要想改变这个现状的长期努力方向。三、对用于人类直接消费的转基因农产品，必须严格标示，让消费者有充分的知情权和选择权。比如可对照欧盟标准，有0.9% 以上转基因成分就必须标示，对违规企业严格处罚。
国内大量种植的转基因棉花，尽管不是粮食作物，但监管同样重要。毕竟，如果因为管理不当而出现超级害虫/超级杂草等生物灾害，受害的将不仅是棉花。在2011年4月28-29日的转基因生物安全国际论坛第四次研讨会上，吴孔明院士就提到，目前国内市场上的抗虫绵品种杂乱，其中既有抗虫基因表达水平高的，也有不少抗虫基因表达水平低下的。他建议此类品种应禁止上市。正如抗生素滥用容易引发细菌抗药性，抗虫基因表达水平低下品种的种植抗虫效果有限的同时容易催生害虫的抗性，应该加强监管制止这种对转基因技术的滥用。